🌐 English / Беларуская / Українська / Русский
RiboGrove
Змест
- Што такое RiboGrove
- Файлы
- Статыстычнае апісанне
- Памер RiboGrove
- Даўжыня генаў 16S рРНК
- Колькасть копій генаў 16S рРНК
- Топ-10 найдаўжэйшых генаў 16S рРНК
- Топ-10 найкарацейшых генаў 16S рРНК
- Топ-10 геномаў з найбольшай колькасцю копій генаў 16S рРНК
- Топ-10 геномаў з найбольшай зменлівасцю генаў 16S рРНК
- Спектр дзеяння пар праймераў да розных V-регіёнаў бактэрыяльных генаў 16S рРНК
- Пошук дадзеных у RiboGrove
- Кантакты
- Цытаванне RiboGrove
- Пытанні, якія ў людзей узнікаюць пра RiboGrove
Што такое RiboGrove
RiboGrove — гэта база дадзеных паслядоўнасцей генаў 16S рРНК бактэрый і архей.
RiboGrove асноўваецца на базе дадзеных RefSeq. RiboGrove змяшчае толькі поўнапамерныя паслядоўнасці генаў 16S рРНК, а самі паслядоўнасці паходзяць з цалкам сабраных геномаў прокарыёт, дэпанаваных у RefSeq. Таму мы пастулюем высокую надзейнасць паслядоўнасцей, размешчаных у RiboGrove.
Табліца ніжэй паказвае, чым (якасна) RiboGrove адрозніваецца ад падобных баз дадзеных паслядоўнасцей РНК, а менавіта rrnDB, Silva, RDP і Greengenes. Кажучы каротка, RiboGrove саступае аналагам у колькасці паслядоўнасцей і іх разнастайнасці, але пераўзыходзіць у надзейнасці паслядоўнасцей.
| RiboGrove | rrnDB | Silva | RDP | Greengenes | |
|---|---|---|---|---|---|
| Прадстаўленыя арганізмы | Бактэрыі Археі | Бактэрыі Археі | Бактэрыі Археі Эўкарыёты | Бактэрыі Археі Эўкарыёты | Бактэрыі Археі |
| Прадстаўленыя субадзінкі рыбасом | Малая | Малая | Вялікая Малая | Вялікая Малая | Малая |
| Змяшчае паслядоўнасці сабраных геномаў | Так | Так | Так | Так | Так |
| Змяшчае паслядоўнасці ампліконаў | Не | Не | Так | Так | Так |
| Змяшчае няпоўныя паслядоўнасці генаў | Не | Так | Так | Так | Так |
| Адрознівае катэгорыі геномаў | Так | Не | Крытэр непрымянімы | Крытэр непрымянімы | Крытэр непрымянімы |
Катэгорыі геномаў
Усе геномы, з якіх браліся дадзеныя для стварэння RiboGrove, былі падзеленыя на тры катэгорыі паводле іхняй надзейнасці:
- Катэгорыя 1 (найбольшая надзейнасць). Геномы, якія не дэманструюць прыкмет нізкаякаснай зборкі і якія былі секвенаваныя з дапамогай тэхналогіі PacBio альбо камбінацыі (Oxford Nanopore + Illumina).
- Катэгорыя 2. Геномы, якія не дэманструюць прыкмет нізкаякаснай зборкі, секвенаваныя з дапамогай любой іншай тэхналогіі (або тыя, для якіх тэхналогія секвенавання не была ўказаная).
- Катэгорыя 3 (найменшая надзейнасць). Геномы, якія дэманструюць хаця б адну прыкмету нізкаякаснай зборкі.
Прыкметы нізкаякаснай зборкі:
- Геном утрымлівае хаця б адну выраджаную аснову у паслядоўнасцях яго генаў 16S рРНК.
- Зборка геному утрымлівае хаця б адзін запіс базы дадзеных RefSeq, у назве якой ёсць фраза «map unlocalized», і гэты запіс утрымлівае паслядоўнасць гена 16S рРНК або яго частку.
Праграмы, з дапамогай якіх была створана RiboGrove, знаходзяцца ў наступным ГітХаб-рэпазіторыі: ribogrove-tools.
Файлы
Актуальны выпуск RiboGrove — 24.230 (2025-05-08)
Выпуск заснованы на базе дадзеных RefSeq 230.
- Fasta-файл з поўнапамернымі паслядоўнасцямі генаў 16S рРНК. Спампаваць („гзіпʼнуты“ fasta-файл, 10,34 Мб)
- Метададзеныя. Спампаваць (zip-архіў 6,84 Мб)
Якая менавіта інфармацыя утрымліваецца ў метададзеных?
Метададзеныя складаюцца з наступных файлаў:
-
discarded_sequences.fasta.gz
Гэта fasta-файл, які змяшчае паслядоўнасці, якія прысутнічалі ў зыходных геномах, былі пры гэтым анатаваныя як гены 16S рРНК, але якія былі „забракаваныя“ (discarded) праз іхнюю непаўнату, прысутнасць унутрыгенных паўтораў і г.д. Такім чынам, гэтыя паслядоўнасці не ўключаныя ў RiboGrove. -
source_RefSeq_genomes.tsv
Гэта TSV-файл, які змяшчае інфармацыю пра тое, якія геномы выкарыстоўваліся для стварэння RiboGrove. -
gene_seqs_base_counts.tsv, discarded_gene_seqs_base_counts.tsv
Гэта TSV-файлы, якія змяшчаюць інфармацыю пра нуклеатыдны склад і памер паслядоўнасцей генаў. Першы файл з гэтых двух апісвае фінальныя паслядоўнасці, уключаныя ў RiboGrove, а другі — „забракаваныя“ паслядоўнасці. -
categories.tsv
Гэта TSV-файл, які змяшчае інфармацыю пра катэгорыю кожнага геному, які быў выкарыстаны для стварэння RiboGrove. Таксама у гэтым файле ёсць інфамацыя пра тэхналогіі, якія выкарыстоўваліся для секвенавання гэтых геномаў. -
taxonomy.tsv
Гэта TSV-файл, які змяшчае таксанамічную прыналежнасць кожнага геному і гена. -
intragenic_repeats.tsv
Гэта TSV-файл, які змяшчае інфармацыю пра унутрыгенныя паўторы ў паслядоўнасцях генаў, знойдзеныя з дапамогай праграмы RepeatFinder. -
entropy_summary.tsv
Гэта TSV-файл, які змяшчае інфармацыю пра унутрыгеномную зменлівасць генаў 16S рРНК. Унутрыгеномную зменлівасць вылічалі толькі для геномаў катэгорыі 1, у якіх ёсць хаця б два гены 16S рРНК. Для ацэнкі зменлівасці выкарыстоўвалі энтрапію Шэнана: выраўноўвалі паслядоўнасці генаў кожнага геному з дапамогай праграмы MAFFT, і пасля вылічалі энтрапію для кожнай калонкі множнага выраўноўвання. -
primer_pair_genomic_coverage.tsv
Гэта TSV-файл, які змяшчае геномнае пакрыццё пар ПЛР-праймераў да розных V-участкаў генаў 16S рРНК. Напрыклад, для сямейства Enterobacteriaceae геномнае пакрыццё пары праймераў — гэта адсотак геномаў Enterobacteriaceae, якія змяшчаюць прынамсі адзін ген 16S рРНК, на матрыцы якога (тэарытычна) можа сфармавацца ПЛР-прадукт з дапамогай гэтай пары праймераў.
-
discarded_sequences.fasta.gz
Файл fasta сціснуты з дапамогаю праграмы gzip, а файлы з метададзенымі сціснутыя ў zip-архіў. Каб распакаваць іх, карыстальнікі Linux і Mac OS могуць скарастыцца якраз праграмамі gzip і zip; гэтыя праграмы звычайна ўсталяваныя разам з аперыцыйнай сістэмай. Карыстальнікам Windows можа прыдацца бясплатная праграма-архіватар 7-Zip.
Архіў выпускаў RiboGrove
Усе папярэднія выпускі можна знайсці ў архіве выпускаў RiboGrove. На жаль, ён вядзецца толькі па-англійску.
Каментары да выпуску
Няма прынцыповых адрозненняў ад папярэдняга выпуску.
Каментары да ўсіх выпускаў RiboGrove можна знайсці на старонцы каментароў да выпускаў.
Статыстычнае апісанне
| Бактэрыі | Археі | Усяго | |
|---|---|---|---|
| Колькасць паслядоўнасцяў генаў | 268 758 | 1 076 | 269 834 |
| Колькасць унікальных паслядоўнасцяў | 64 436 | 759 | 65 195 |
| Колькасць відаў | 12 338 | 492 | 12 830 |
| Колькасць геномаў | 48 707 | 616 | 49 323 |
| Колькасць геномаў 1-й катэгорыі | 32 507 | 250 | 32 757 |
| Колькасць геномаў 2-й катэгорыі | 15 934 | 366 | 16 300 |
| Колькасць геномаў 3-й катэгорыі | 266 | 0 | 266 |
| Бактэрыі | Археі | |
|---|---|---|
| Мінімальная даўжыня, п.а. | 1 401,00 | 1 439,00 |
| 25-ы працэнтыль, п.а. * | 1 517,00 | 1 471,00 |
| Медыяна, п.а. * | 1 529,00 | 1 473,50 |
| 75-ы працэнтыль, п.а. * | 1 542,00 | 1 483,00 |
| Сярэдняя даўжыня, п.а. * | 1 526,85 | 1 491,31 |
| Мода, п.а. * | 1 537,00 | 1 472,00 |
| Максімальная даўжыня, п.а. | 2 438,00 | 3 604,00 |
| Сярэднеквадратычнае адхіленне, п.а.* | 25,10 | 121,54 |
* Метрыкі, пазначаныя зорачкай, вылічаныя з папярэдняй нармалізацыяй: вылічэннем медыян даўжынь генаў у межах віду.
| Колькасць копій * | Бактэрыі | Археі | ||
|---|---|---|---|---|
| Колькасць відаў | Адсотак відаў, % | Колькасць відаў | Адсотак відаў, % | |
| 1 | 1 575 | 12,77 | 245 | 49,80 |
| 2 | 2 126 | 17,23 | 149 | 30,28 |
| 3 | 1 694 | 13,73 | 74 | 15,04 |
| 4 | 1 486 | 12,04 | 18 | 3,66 |
| 5 | 934 | 7,57 | 6 | 1,22 |
| 6 | 1 599 | 12,96 | 0 | 0,00 |
| 7 | 1 131 | 9,17 | 0 | 0,00 |
| 8 | 649 | 5,26 | 0 | 0,00 |
| 9 | 324 | 2,63 | 0 | 0,00 |
| 10 | 312 | 2,53 | 0 | 0,00 |
| 11 | 156 | 1,26 | 0 | 0,00 |
| 12 | 137 | 1,11 | 0 | 0,00 |
| 13 | 56 | 0,45 | 0 | 0,00 |
| 14 | 86 | 0,70 | 0 | 0,00 |
| 15 | 26 | 0,21 | 0 | 0,00 |
| 16 | 12 | 0,10 | 0 | 0,00 |
| 17 | 12 | 0,10 | 0 | 0,00 |
| 18 | 6 | 0,05 | 0 | 0,00 |
| 19 | 2 | 0,02 | 0 | 0,00 |
| 20 | 9 | 0,07 | 0 | 0,00 |
| 21 | 1 | 0,01 | 0 | 0,00 |
| 22 | 1 | 0,01 | 0 | 0,00 |
| 24 | 1 | 0,01 | 0 | 0,00 |
| 25 | 1 | 0,01 | 0 | 0,00 |
| 27 | 1 | 0,01 | 0 | 0,00 |
| 37 | 1 | 0,01 | 0 | 0,00 |
* Медыянная колькасць копій у межах віду.
| Арганізм | Даўжыня, п.а. | SeqID * | Код доступу геномнай зборкі |
|---|---|---|---|
| Бактэрыі | |||
| Thermus thermophilus AA2-2 | 2 438 | GCF_019974355.1:NZ_AP024929.1:249100-251537:minus | GCF_019974355.1 |
| Ca. Annandia pinicola Ad13-065 | 1 887 | GCF_020541245.1:NZ_CP045876.1:290071-291957:minus | GCF_020541245.1 |
| Thermoanaerobacter ethanolicus JW 200 | 1 812 | GCF_003722315.1:NZ_CP033580.1:456062-457873:plus | GCF_003722315.1 |
| Nitrosophilus labii HRV44 | 1 806 | GCF_014466985.1:NZ_AP022826.1:1258017-1259822:minus GCF_014466985.1:NZ_AP022826.1:1532588-1534393:minus GCF_014466985.1:NZ_AP022826.1:1939914-1941719:minus |
GCF_014466985.1 |
| Sporomusa rhizae DSM 16652 | 1 802 | GCF_041428845.1:NZ_CP156925.1:3123180-3124981:minus | GCF_041428845.1 |
| Gelria sp. Kuro-4 | 1 788 | GCF_019668485.1:NZ_AP024619.1:2016182-2017969:minus | GCF_019668485.1 |
| Helicobacter mastomyrinus Hm-17 | 1 785 | GCF_039555295.1:NZ_CP145316.1:765140-766924:minus | GCF_039555295.1 |
| Thermoanaerobacter brockii Ako-1 | 1 781 | GCF_000175295.2:NC_014964.1:2252888-2254668:minus | GCF_000175295.2 |
| Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 |
1 781 | GCF_000019085.1:NC_010321.1:2265744-2267524:minus | GCF_000019085.1 |
| Thermoanaerobacter sp. RKWS2 | 1 754 | GCF_026240795.1:NZ_CP110888.1:94012-95765:plus | GCF_026240795.1 |
| Археі | |||
| Pyrobaculum ferrireducens 1860 | 3 604 | GCF_000234805.1:NC_016645.1:127214-130817:plus | GCF_000234805.1 |
| Pyrobaculum aerophilum IM2 | 2 213 | GCF_000007225.1:NC_003364.1:1089640-1091852:plus | GCF_000007225.1 |
| Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514 | 2 212 | GCF_000016385.1:NC_009376.1:623323-625534:minus | GCF_000016385.1 |
| Aeropyrum pernix K1 | 2 202 | GCF_000011125.1:NC_000854.2:1218712-1220913:minus | GCF_000011125.1 |
| Pyrobaculum neutrophilum V24Sta | 2 197 | GCF_000019805.1:NC_010525.1:690419-692615:plus | GCF_000019805.1 |
| Ca. Mancarchaeum acidiphilum Mia14 | 2 008 | GCF_002214165.1:NZ_CP019964.1:751297-753304:minus | GCF_002214165.1 |
| Ca. Micrarchaeum sp. A_DKE | 2 003 | GCF_016806735.1:NZ_CP060530.1:203642-205644:minus | GCF_016806735.1 |
| Caldivirga maquilingensis IC-167 | 1 679 | GCF_000018305.1:NC_009954.1:129150-130828:minus | GCF_000018305.1 |
| Aeropyrum camini SY1 | 1 650 | GCF_000591035.1:NC_022521.1:1165168-1166817:minus | GCF_000591035.1 |
| Pyrolobus fumarii 1A | 1 576 | GCF_000223395.1:NC_015931.1:84671-86246:minus | GCF_000223395.1 |
* SeqID — гэта ідэнтыфікатар паслядоўнасці RiboGrove.
| Арганізм | Даўжыня, п.а. | SeqID * | Код доступу геномнай зборкі |
|---|---|---|---|
| Бактэрыі | |||
| Anabaena sp. YBS01 | 1 401 | GCF_009498015.1:NZ_CP034058.1:6920299-6921699:minus | GCF_009498015.1 |
| Clostridioides difficile TW11 | 1 426 | GCF_009362915.1:NZ_CP045224.1:4068440-4069865:minus | GCF_009362915.1 |
| Staphylococcus warneri TWSL_1 | 1 440 | GCF_032147125.1:NZ_CP135051.1:2625669-2627108:plus | GCF_032147125.1 |
| Roseicitreum antarcticum ZS2-28 | 1 447 | GCF_014681765.1:NZ_CP061498.1:3436150-3437596:plus | GCF_014681765.1 |
| Hirschia baltica ATCC 49814 | 1 448 | GCF_000023785.1:NC_012982.1:2336679-2338126:minus | GCF_000023785.1 |
| Sagittula sp. P11 | 1 449 | GCF_002814095.1:NZ_CP021913.1:3597920-3599368:plus GCF_002814095.1:NZ_CP021913.1:2386837-2388285:plus |
GCF_002814095.1 |
| Mameliella sp. | 1 449 | GCF_965212485.1:NZ_OZ243118.1:780420-781868:minus GCF_965212485.1:NZ_OZ243118.1:3042962-3044410:plus GCF_965212485.1:NZ_OZ243118.1:4611080-4612528:minus |
GCF_965212485.1 |
| Mameliella sp. | 1 449 | GCF_965249415.1:NZ_OZ252233.1:702863-704311:plus GCF_965249415.1:NZ_OZ252233.1:1895495-1896943:plus GCF_965249415.1:NZ_OZ252233.1:3463560-3465008:minus |
GCF_965249415.1 |
| Sagittula sp. MA-2 | 1 449 | GCF_030126985.1:NZ_CP126145.1:439-1887:plus GCF_030126985.1:NZ_CP126145.1:2907211-2908659:minus |
GCF_030126985.1 |
| Sagittula stellata E-37 | 1 449 | GCF_039724765.1:NZ_CP155729.1:664616-666064:plus GCF_039724765.1:NZ_CP155729.1:1804792-1806240:plus |
GCF_039724765.1 |
| Mameliella alba KU6B | 1 449 | GCF_011405015.1:NZ_AP022337.1:1420943-1422391:plus GCF_011405015.1:NZ_AP022337.1:3191212-3192660:minus GCF_011405015.1:NZ_AP022337.1:267140-268588:plus |
GCF_011405015.1 |
| Археі | |||
| Ignicoccus hospitalis KIN4/I | 1 439 | GCF_000017945.1:NC_009776.1:728362-729800:plus | GCF_000017945.1 |
| Methanocaldococcus lauensis SG7 | 1 457 | GCF_902827225.1:NZ_LR792632.1:542755-544211:plus | GCF_902827225.1 |
| Halorubrum sp. BOL3-1 | 1 463 | GCF_004114375.1:NZ_CP034692.1:397753-399215:minus | GCF_004114375.1 |
| Salinirubellus litoreus SYNS196 | 1 466 | GCF_037335815.1:NZ_CP147841.1:597195-598660:minus | GCF_037335815.1 |
| Natronomonas marina ZY43 | 1 466 | GCF_024298905.1:NZ_CP101154.1:18680-20145:plus | GCF_024298905.1 |
| Natronomonas gomsonensis KCTC 4088 | 1 466 | GCF_024300825.1:NZ_CP101323.1:2500564-2502029:plus | GCF_024300825.1 |
| Ca. Methanomethylophilus alvi Mx1201 | 1 466 | GCF_000300255.2:NC_020913.1:283607-285072:plus | GCF_000300255.2 |
| Salinirubellus salinus ZS-35-S2 | 1 466 | GCF_025231485.1:NZ_CP104003.1:3070232-3071697:plus | GCF_025231485.1 |
| Methanomethylophilus alvi MGYG-HGUT-02456 |
1 466 | GCF_902387285.1:NZ_LR699000.1:283607-285072:plus | GCF_902387285.1 |
| Methanospirillum purgamenti J.3.6.1-F.2.7.3 |
1 466 | GCF_018502485.1:NZ_CP075546.1:133354-134819:plus GCF_018502485.1:NZ_CP075546.1:825954-827419:plus GCF_018502485.1:NZ_CP075546.1:872641-874106:plus GCF_018502485.1:NZ_CP075546.1:1727419-1728884:plus |
GCF_018502485.1 |
| Methanospirillum stamsii Pt1 | 1 466 | GCF_046244385.1:NZ_CP176366.1:1311724-1313189:plus GCF_046244385.1:NZ_CP176366.1:2035802-2037267:plus GCF_046244385.1:NZ_CP176366.1:2042927-2044392:plus GCF_046244385.1:NZ_CP176366.1:3625347-3626812:minus |
GCF_046244385.1 |
| Methanomethylophilus alvi Mx-05 | 1 466 | GCF_003711245.1:NZ_CP017686.1:283608-285073:plus | GCF_003711245.1 |
| Natronomonas halophila C90 | 1 466 | GCF_013391085.1:NZ_CP058334.1:1530622-1532087:minus | GCF_013391085.1 |
| Methanospirillum purgamenti GP1 | 1 466 | GCF_019263745.1:NZ_CP077107.1:4649-6114:plus GCF_019263745.1:NZ_CP077107.1:1359562-1361027:minus GCF_019263745.1:NZ_CP077107.1:1365502-1366967:minus GCF_019263745.1:NZ_CP077107.1:1986020-1987485:minus |
GCF_019263745.1 |
| Methanospirillum hungatei JF-1 | 1 466 | GCF_000013445.1:NC_007796.1:39814-41279:plus GCF_000013445.1:NC_007796.1:1301079-1302544:minus GCF_000013445.1:NC_007796.1:3501525-3502990:minus GCF_000013445.1:NC_007796.1:3507609-3509074:minus |
GCF_000013445.1 |
* SeqID — гэта ідэнтыфікатар паслядоўнасці RiboGrove.
| Арганізм | Колькасць копій | Код доступу геномнай зборкі | |
|---|---|---|---|
| Бактэрыі | |||
| Tumebacillus avium AR23208 | 37 | GCF_002162355.1 | |
| Tumebacillus algifaecis THMBR28 | 27 | GCF_002243515.1 | |
| Photobacterium piscicola WVL24019 | 25 | GCF_046058925.1 | |
| Photobacterium phosphoreum MIP2473 | 24 | GCF_949787665.1 | |
| Mesobacillus maritimus ADH-29 | 22 | GCF_044803185.1 | |
| Photobacterium damselae Pdd1411 | 21 | GCF_030168855.1 | |
| Photobacterium damselae Phdp Wu-1 | 21 | GCF_003130755.1 | |
| Photobacterium leiognathi Sr3.10 | 21 | GCF_048537505.1 | |
| Aneurinibacillus sp. Ricciae_BoGa-3 | 21 | GCF_028421645.1 | |
| Photobacterium leiognathi Sr3.21 | 21 | GCF_048537525.1 | |
| Peribacillus asahii KF4 | 21 | GCF_023823975.1 | |
| Археі | |||
| Natronorubrum aibiense 7-3 | 5 | GCF_009392895.1 | |
| Methanococcoides orientis LMO-1 | 5 | GCF_021184045.1 | |
| Natrinema sp. SYSU A 869 | 5 | GCF_019879105.1 | |
| Methanolobus sp. ZRKC3 | 5 | GCF_045291275.1 | |
| Natronorubrum bangense JCM 10635 | 5 | GCF_004799645.1 | |
| Methanoplanus endosymbiosus DSM 3599 | 5 | GCF_024662215.1 | |
| Halomicrobium urmianum IBRC-M: 10911 | 4 | GCF_020217425.1 | |
| Halomicrobium salinisoli LT50 | 4 | GCF_020405185.1 | |
| Halomicrobium salinisoli TH30 | 4 | GCF_020405245.1 | |
| Methanospirillum purgamenti J.3.6.1-F.2.7.3 | 4 | GCF_018502485.1 | |
| Haloarcula sinaiiensis ATCC 33800 | 4 | GCF_018200015.1 | |
| Haloterrigena salifodinae BOL5-1 | 4 | GCF_016906025.1 | |
| Methanolobus sediminis FTZ6 | 4 | GCF_031312595.1 | |
| Methanogenium sp. S4BF | 4 | GCF_029633965.1 | |
| Methanospirillum hungatei JF-1 | 4 | GCF_000013445.1 | |
| Natronococcus occultus SP4 | 4 | GCF_000328685.1 | |
| Methanosphaera stadtmanae MGYG-HGUT-02164 |
4 | GCF_902384015.1 | |
| Methanolobus sp. WCC4 | 4 | GCF_038022665.1 | |
| Methanochimaera problematica FWC-SCC4 | 4 | GCF_032878975.1 | |
| Methanolobus mangrovi FTZ2 | 4 | GCF_031312535.1 | |
| Methanococcus vannielii SB | 4 | GCF_000017165.1 | |
| Methanospirillum lacunae Ki8-1 | 4 | GCF_046195335.1 | |
| Methanosphaera stadtmanae DSM 3091 | 4 | GCF_000012545.1 | |
| Methanospirillum purgamenti GP1 | 4 | GCF_019263745.1 | |
| Natrinema thermotolerans A29 | 4 | GCF_031165565.1 | |
| Methanospirillum stamsii Pt1 | 4 | GCF_046244385.1 | |
| Methanogenium organophilum DSM 3596 | 4 | GCF_026684035.1 | |
| Арганізм | Сума энтрапіі *, біты | Сярэдняя энтрапія *, біты | Колькасць зменлівых пазіцый | Колькасць копій генаў | Код доступу геномнай зборкі |
|---|---|---|---|---|---|
| Бактэрыі | |||||
| Clostridium perfringens A SNU21005 | 780,95 | 0,41 | 1 171 | 9 | GCF_047150065.1 |
| Escherichia coli P276M | 433,81 | 0,26 | 569 | 6 | GCF_009762385.1 |
| Listeria monocytogenes 10-092876-1155 LM6 |
357,10 | 0,20 | 370 | 3 | GCF_001999045.1 |
| Klebsiella pneumoniae GZ-1 | 304,27 | 0,18 | 464 | 8 | GCF_014854815.1 |
| Streptococcus infantis SO | 291,50 | 0,18 | 308 | 3 | GCF_021497965.1 |
| Synechococcus sp. NB0720_010 | 243,35 | 0,16 | 265 | 3 | GCF_023078835.1 |
| Streptomyces griseorubiginosus NBC_00586 |
231,55 | 0,15 | 342 | 6 | GCF_036345135.1 |
| Caminibacter mediatlanticus TB-2 | 228,78 | 0,15 | 282 | 4 | GCF_005843985.1 |
| Xanthomonas oryzae YNCX | 227,74 | 0,15 | 248 | 3 | GCF_024499285.1 |
| Sporomusa termitida DSM 4440 | 226,25 | 0,13 | 247 | 12 | GCF_007641255.1 |
| Археі | |||||
| Halomicrobium sp. ZPS1 ** | 137,00 | 0,09 | 137 | 2 | GCF_009217585.1 |
| Halomicrobium urmianum IBRC-M: 10911 |
131,55 | 0,09 | 146 | 4 | GCF_020217425.1 |
| Halapricum desulfuricans HSR12-2 | 128,00 | 0,09 | 128 | 2 | GCF_017094525.1 |
| Halomicrobium salinisoli TH30 | 127,74 | 0,09 | 145 | 4 | GCF_020405245.1 |
| Halapricum desulfuricans HSR-Bgl | 127,00 | 0,09 | 127 | 2 | GCF_017094445.1 |
| Halomicrobium mukohataei JP60 | 125,81 | 0,09 | 137 | 3 | GCF_004803735.1 |
| Halomicrobium sp. HM KBTZ05 | 124,38 | 0,08 | 134 | 3 | GCF_041530035.1 |
| Halomicrobium salinisoli LT50 | 123,31 | 0,08 | 140 | 4 | GCF_020405185.1 |
| Halapricum desulfuricans HSR-Est | 111,00 | 0,08 | 111 | 2 | GCF_017094465.1 |
| Halapricum desulfuricans HSR12-1 | 109,00 | 0,07 | 109 | 2 | GCF_017094505.1 |
* Энтрапія ў гэтым выпадку — гэта энтрапія Шэнана, якую вылічалі для кожнай калонкі множнага выраўноўвання поўнапамерных паслядоўнасцяў генаў 16S рРНК кожнага геному. Пасля гэтага падсумоўвалі энтрапію (калонка «Сума энтрапіі») і усярэднівалі (калонка «Сярэдняя энтрапія»).
** Halomicrobium sp. ZPS1 — паказальны выпадак. У гэтым геноме два гены 16S рРНК, таму энтрапія роўная колькасці нуклеатыдаў, якія не супадаюць у іхніх паслядоўнасцях. Вылічыўшы адсотак ідэнтычнасці (скарочана АІ) паслядоўнасцяў гэтых двух генаў, атрымаем 90,70%! Нагадаем, што за парог АІ паслядоўнасцяў генаў 16S рРНК для аднясення арганізмаў да адрозных родаў звычайна бярэцца (зрэшты, адвольна) значэнне 95%.
Спектр дзеяння* пар праймераў да розных V-регіёнаў бактэрыяльных генаў 16S рРНК
* Спектр дзеяння пары праймераў — гэта адсотак геномаў, якія маюць прынамсі адзін ген 16S рРНК, які магчыма ампліфікаваць з дапамогай ПЛР і з выкарыстаннем гэтай пары праймераў. Падрабязнасці апісаныя ў нашым артыкуле пра RiboGrove.
У табліцах нижэй можна знайсці спектры дзеяння пар праймераў, якія звычайна выкарыстозваюцца для ампліфікацыі бактэрыяльных і архейных генаў 16S рРНК (т.б.м., „бактэрыяльныя“ і „архейныя“ праймеры).
Ёсць больш падрабязная табліца — у файле primer_pair_genomic_coverage.tsv у метададзеных metadata. Тая табліца змяшчае спектр дзеяння не толькі для тыпаў (phyla), але і для кожнага класу, парадку, сямейства, роду ды віду. Апроч таго, тая табліца змяшчае спектр дзеяння для дадатковых пар праймераў, а менавіта 1115F-1492R, 349f-519r, 1106F-Ar1378R, 1106F-SSU1492Rngs, SSU1ArF-SSU468R, SSU1ArF-SSU520R. У табліцах ніжэй няма гэтых пар, каб табліцы не былі занадта вялікімі.
| Тып | Колькасць геномаў |
Full gene | V1–V2 | V1–V3 | V3–V4 | V3–V5 | V4 | V4–V5 | V4–V6 | V5–V6 | V5–V7 | V6–V7 | V6–V8 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 27F– 1492R (%) |
27F– 338R (%) |
27F– 534R (%) |
341F– 785R (%) |
341F– 944R (%) |
515F– 806R (%) |
515F– 944R (%) |
515F– 1100R (%) |
784F– 1100R (%) |
784F– 1193R (%) |
939F– 1193R (%) |
939F– 1378R (%) |
||
| Pseudomonadota | 26 698 | 99,70 | 99,50 | 99,68 | 99,93 | 84,03 | 99,89 | 84,10 | 88,96 | 88,65 | 93,47 | 92,52 | 96,43 |
| Bacillota | 11 206 | 99,83 | 99,75 | 99,79 | 99,93 | 95,23 | 99,97 | 95,10 | 99,46 | 98,08 | 97,50 | 98,63 | 99,37 |
| Actinomycetota | 4 976 | 99,90 | 99,14 | 99,72 | 94,82 | 67,02 | 94,61 | 66,78 | 96,91 | 99,76 | 99,84 | 99,84 | 96,93 |
| Bacteroidota | 1 681 | 96,43 | 96,07 | 96,55 | 99,94 | 64,78 | 99,41 | 64,37 | 37,89 | 38,01 | 92,44 | 91,97 | 95,48 |
| Campylobacterota | 1 314 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 99,92 | 99,92 | 99,92 | 99,47 | 99,47 | 99,70 | 99,54 |
| Mycoplasmatota | 751 | 90,28 | 83,89 | 72,30 | 98,93 | 91,21 | 99,07 | 91,61 | 74,43 | 48,34 | 42,74 | 76,43 | 0,67 |
| Spirochaetota | 398 | 54,27 | 54,77 | 54,77 | 93,22 | 99,75 | 93,22 | 99,75 | 99,75 | 75,38 | 75,38 | 90,20 | 43,47 |
| Cyanobacteriota | 370 | 99,73 | 99,73 | 99,73 | 100,00 | 3,78 | 100,00 | 3,78 | 100,00 | 1,08 | 1,08 | 100,00 | 99,73 |
| Chlamydiota | 234 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 94,44 |
| Fusobacteriota | 229 | 100,00 | 98,69 | 99,56 | 99,56 | 99,56 | 99,56 | 99,56 | 99,56 | 99,56 | 99,56 | 100,00 | 0,00 |
| Thermodesulfobacteriota | 147 | 100,00 | 99,32 | 100,00 | 100,00 | 41,50 | 100,00 | 41,50 | 100,00 | 95,24 | 91,16 | 95,92 | 99,32 |
| Verrucomicrobiota | 140 | 99,29 | 0,00 | 99,29 | 100,00 | 12,86 | 100,00 | 12,86 | 100,00 | 1,43 | 1,43 | 98,57 | 98,57 |
| Deinococcota | 97 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 52,58 | 100,00 |
| Planctomycetota | 72 | 100,00 | 25,00 | 100,00 | 100,00 | 62,50 | 100,00 | 62,50 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 2,78 | 0,00 |
| Myxococcota | 65 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Chloroflexota | 52 | 100,00 | 92,31 | 100,00 | 42,31 | 0,00 | 94,23 | 0,00 | 90,38 | 11,54 | 11,54 | 94,23 | 26,92 |
| Bdellovibrionota | 44 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 77,27 | 100,00 | 77,27 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Thermotogota | 44 | 100,00 | 97,73 | 100,00 | 100,00 | 9,09 | 100,00 | 9,09 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 59,09 | 97,73 |
| Acidobacteriota | 43 | 97,67 | 97,67 | 97,67 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 72,09 | 58,14 | 86,05 | 100,00 |
| Aquificota | 18 | 100,00 | 16,67 | 100,00 | 100,00 | 16,67 | 100,00 | 16,67 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 16,67 |
| Rhodothermota | 16 | 43,75 | 43,75 | 43,75 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 81,25 | 81,25 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Chlorobiota | 15 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 93,33 | 86,67 | 6,67 |
| Nitrospirota | 15 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 73,33 | 100,00 | 73,33 | 100,00 | 100,00 | 73,33 | 73,33 | 100,00 |
| Ca. Saccharibacteria | 12 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 8,33 | 8,33 | 8,33 | 8,33 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Gemmatimonadota | 12 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Synergistota | 10 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Deferribacterota | 6 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Elusimicrobiota | 5 | 100,00 | 60,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 60,00 | 60,00 | 100,00 | 100,00 |
| Atribacterota | 3 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Ignavibacteriota | 3 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Armatimonadota | 2 | 100,00 | 50,00 | 100,00 | 50,00 | 50,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Thermodesulfobiota | 2 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 |
| Thermomicrobiota | 2 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 50,00 | 50,00 |
| Balneolota | 2 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Chrysiogenota | 2 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Dictyoglomota | 2 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 |
| Fibrobacterota | 2 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Kiritimatiellota | 2 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Ca. Fervidibacterota | 1 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Ca. Cloacimonadota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Ca. Bipolaricaulota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Ca. Absconditibacteriota | 1 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 |
| Calditrichota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Caldisericota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Ca. Omnitrophota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Ca. Paceibacterota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Vulcanimicrobiota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Thermosulfidibacterota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Nitrospinota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Lentisphaerota | 1 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 |
| Fidelibacterota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Coprothermobacterota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 |
| Тып | Колькасць геномаў |
Full gene | V1–V2 | V1–V3 | V1–V3 | V3–V4 | V3–V4 | V3–V4 | V3–V5 | V3–V5 | V4 | V4–V5 | V5–V7 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SSU1ArF– SSU1492Rngs (%) |
SSU1ArF– SSU280ArR (%) |
SSU1ArF– SSU470R (%) |
SSU1ArF– A519R (%) |
349f– SSU666ArR (%) |
340f– SSU666ArR (%) |
340f– 806rB (%) |
349f– SSU1000ArR (%) |
340f– SSU1000ArR (%) |
515fB– 806rB (%) |
Parch519f– Arch915r (%) |
A751F– UA1204R (%) |
||
| Methanobacteriota | 452 | 89,16 | 86,95 | 89,38 | 89,16 | 51,55 | 50,66 | 100,00 | 99,34 | 100,00 | 100,00 | 99,56 | 89,60 |
| Thermoproteota | 107 | 96,26 | 98,13 | 100,00 | 100,00 | 72,90 | 98,13 | 100,00 | 69,16 | 93,46 | 100,00 | 99,07 | 98,13 |
| Nitrososphaerota | 30 | 96,67 | 96,67 | 96,67 | 96,67 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
| Thermoplasmatota | 19 | 84,21 | 68,42 | 100,00 | 100,00 | 42,11 | 42,11 | 100,00 | 63,16 | 84,21 | 100,00 | 100,00 | 52,63 |
| Ca. Nanohalarchaeota | 4 | 0,00 | 25,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 50,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Ca. Micrarchaeota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Nanobdellota | 1 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Promethearchaeota | 1 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 100,00 |
Бактэрыяльныя гены, „архейныя“ праймеры
| Тып | Колькасць геномаў |
Full gene | V1–V2 | V1–V3 | V1–V3 | V3–V4 | V3–V4 | V3–V4 | V3–V5 | V3–V5 | V4 | V4–V5 | V5–V7 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SSU1ArF– SSU1492Rngs (%) |
SSU1ArF– SSU280ArR (%) |
SSU1ArF– SSU470R (%) |
SSU1ArF– A519R (%) |
349f– SSU666ArR (%) |
340f– SSU666ArR (%) |
340f– 806rB (%) |
349f– SSU1000ArR (%) |
340f– SSU1000ArR (%) |
515fB– 806rB (%) |
Parch519f– Arch915r (%) |
A751F– UA1204R (%) |
||
| Pseudomonadota | 26 698 | 1,22 | 0,03 | 0,55 | 0,58 | 0,00 | 0,00 | 0,09 | 0,00 | 0,00 | 99,89 | 28,03 | 0,00 |
| Bacillota | 11 206 | 2,54 | 0,05 | 0,13 | 1,45 | 0,02 | 0,00 | 0,06 | 0,01 | 0,00 | 99,97 | 98,42 | 0,00 |
| Actinomycetota | 4 976 | 0,94 | 0,24 | 0,74 | 1,21 | 0,00 | 0,00 | 0,04 | 0,00 | 0,00 | 94,61 | 87,64 | 0,00 |
| Bacteroidota | 1 681 | 1,90 | 0,00 | 1,84 | 1,96 | 0,00 | 0,00 | 0,18 | 0,00 | 0,00 | 99,41 | 99,29 | 0,00 |
| Campylobacterota | 1 314 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 99,92 | 0,15 | 0,00 |
| Mycoplasmatota | 751 | 2,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 99,07 | 78,16 | 0,00 |
| Spirochaetota | 398 | 0,50 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 93,22 | 92,96 | 0,00 |
| Cyanobacteriota | 370 | 2,97 | 0,00 | 0,27 | 0,27 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Chlamydiota | 234 | 1,71 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Fusobacteriota | 229 | 0,44 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 99,56 | 99,56 | 0,00 |
| Thermodesulfobacteriota | 147 | 6,12 | 0,68 | 1,36 | 1,36 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 72,79 | 0,00 |
| Verrucomicrobiota | 140 | 5,71 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 10,00 | 0,71 |
| Deinococcota | 97 | 39,18 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 96,91 | 0,00 |
| Planctomycetota | 72 | 1,39 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 81,94 | 0,00 |
| Myxococcota | 65 | 13,85 | 7,69 | 6,15 | 6,15 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Chloroflexota | 52 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 94,23 | 100,00 | 0,00 |
| Bdellovibrionota | 44 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 4,55 | 0,00 | 100,00 | 27,27 | 0,00 |
| Thermotogota | 44 | 43,18 | 0,00 | 31,82 | 31,82 | 0,00 | 0,00 | 2,27 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Acidobacteriota | 43 | 11,63 | 0,00 | 0,00 | 6,98 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Aquificota | 18 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 83,33 | 44,44 |
| Rhodothermota | 16 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Chlorobiota | 15 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Nitrospirota | 15 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Ca. Saccharibacteria | 12 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 8,33 | 8,33 | 0,00 |
| Gemmatimonadota | 12 | 0,00 | 8,33 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Synergistota | 10 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Deferribacterota | 6 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Elusimicrobiota | 5 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Atribacterota | 3 | 33,33 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Ignavibacteriota | 3 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Armatimonadota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 50,00 | 0,00 |
| Thermodesulfobiota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Thermomicrobiota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Balneolota | 2 | 50,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Chrysiogenota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Dictyoglomota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Fibrobacterota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Kiritimatiellota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Ca. Fervidibacterota | 1 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 |
| Ca. Cloacimonadota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Ca. Bipolaricaulota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 |
| Ca. Absconditibacteriota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 |
| Calditrichota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Caldisericota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Ca. Omnitrophota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Ca. Paceibacterota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Vulcanimicrobiota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Thermosulfidibacterota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Nitrospinota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Lentisphaerota | 1 | 100,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Fidelibacterota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
| Coprothermobacterota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 100,00 | 0,00 |
Архейныя гены, „бактэрыяльныя“ праймеры
| Тып | Колькасць геномаў |
Full gene | V1–V2 | V1–V3 | V3–V4 | V3–V5 | V4 | V4–V5 | V4–V6 | V5–V6 | V5–V7 | V6–V7 | V6–V8 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 27F– 1492R (%) |
27F– 338R (%) |
27F– 534R (%) |
341F– 785R (%) |
341F– 944R (%) |
515F– 806R (%) |
515F– 944R (%) |
515F– 1100R (%) |
784F– 1100R (%) |
784F– 1193R (%) |
939F– 1193R (%) |
939F– 1378R (%) |
||
| Methanobacteriota | 452 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 82,08 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Thermoproteota | 107 | 0,93 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 88,79 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Nitrososphaerota | 30 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Thermoplasmatota | 19 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Ca. Nanohalarchaeota | 4 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Ca. Micrarchaeota | 2 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Nanobdellota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Promethearchaeota | 1 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 100,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
Праймеры, спектр дзеяння якіх ацэньваўся
| Назва праймера | Паслядоўнасць | Спасылка |
|---|---|---|
| 27F | AGAGTTTGATYMTGGCTCAG | Frank et al., 2008 |
| 338R | GCTGCCTCCCGTAGGAGT | Suzuki et al., 1996 |
| 341F * | CCTACGGGNGGCWGCAG | Klindworth et al., 2013 |
| 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | Turner et al., 1999 |
| 534R | ATTACCGCGGCTGCTGG | Walker et al., 2015 |
| 784F | AGGATTAGATACCCTGGTA | Andersson et al., 2008 |
| 785R * | GACTACHVGGGTATCTAATCC | Klindworth et al., 2013 |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | Caporaso et al., 2010 |
| 939F | GAATTGACGGGGGCCCGCACAAG | Lebuhn et al., 2014 |
| 944R | GAATTAAACCACATGCTC | Fuks et al., 2018 |
| 1100R | AGGGTTGCGCTCGTTG | Turner et al., 1999 |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | Bodenhausen et al, 2013 |
| 1378R | CGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACG | Lebuhn et al., 2014 |
| 1492R | TACCTTGTTACGACTT | Frank et al., 2008 |
| SSU1ArF | TCCGGTTGATCCYGCBRG | Bahram et al., 2018 |
| SSU520R | GCTACGRRYGYTTTARRC | Bahram et al., 2018 |
| 340f | CCCTAYGGGGYGCASCAG | Gantner et al., 2011 |
| 806rB | GGACTACNVGGGTWTCTAAT | Appril et al., 2015 |
| 349f | GYGCASCAGKCGMGAAW | Takai and Horikoshi, 2000 |
| 519r | TTACCGCGGCKGCTG | Klindworth et al., 2013 |
| 515fB | GTGYCAGCMGCCGCGGTAA | Parada et al., 2015 |
| Parch519f | CAGCCGCCGCGGTAA | Ovreås et al., 1997 |
| Arch915r | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | Raskin et al., 1994 |
| 1106F | TTWAGTCAGGCAACGAGC | Watanabe et al., 2007 |
| Ar1378R ** | TGTGCAAGGAGCAGGGAC | Watanabe et al., 2007 |
| A751F | CCGACGGTGAGRGRYGAA | Baker et al., 2003 |
| SSU1492Rngs | CGGNTACCTTGTKACGAC | Bahram et al., 2018 |
| SSU280ArR | TCAGWNYCCNWCTCSRGG | Bahram et al., 2018 |
| SSU470R | DCNGCNGGTDTTACCGCG | Bahram et al., 2018 |
| SSU468R | GNDCNGCNGGTDTTACCG | Bahram et al., 2018 |
| A519R | GGTDTTACCGCGGCKGCTG | Wang and Qian, 2009 |
| SSU666ArR | HGCYTTCGCCACHGGTRG | Bahram et al., 2018 |
| SSU1000ArR | GGCCATGCAMYWCCTCTC | Bahram et al., 2018 |
| UA1204R | TTMGGGGCATRCIKACCT | Baker et al., 2003 |
* Праймеры 341F і 785R выкарыстоўваюцца ў пратаколе падрыхтоўкі бібліятэкі для секвенавання ампліконаў регіёнаў V3–V4 генаў 16S рРНК на апараце Illumina MiSeq.
** Зыходная назва праймера Ar1378R — 1378R. Мы змянілі назву, каб пазбегнуць блытаніны.
Пошук дадзеных у RiboGrove
RiboGrove — вельмі мінімалістычная база дадзеных: яна складаецца з двух файлаў fasta з дадатковымі метададзенымі. Таму пашыраных сродкаў пошуку няма. Мы прызнае́м гэтую праблему і пакідаем ніжэй некалькі парад наконт пошуку дадзеных у RiboGrove.
Фармат загалоўка
Запісы паслядоўнасцяў RiboGrove у фармаце fasta маюць наступны фармат загалоўка:
>GCF_000978375.1:NZ_CP009686.1:8908-10459:plus ;d__Bacteria;p__Firmicutes;c__Bacilli;o__Bacillales;f__Bacillaceae;g__Bacillus;s__cereus; category:1
Асноўныя часткі загалоўка адасобленыя адна ад адной прабеламі. У загалоўку павінна быць тры такія часткі:
- Ідэнтыфікатар паслядоўнасці (SeqID): GCF_000978375.1:NZ_CP009686.1:8908-10459:plus. SeqID, у сваю чаргу, складаецца з чатырох частак, адасобленых двукропʼямі (:):
- Код доступу зборкі геному, з якога паходзіць паслядоўнасць гена: GCF_000978375.1.
- Код доступу паслядоўнасці RefSeq, з якой паходзіць паслядоўнасць гена: NZ_CP009686.1.
- Каардынаты гена у гэтай геномнай паслядоўнасці: 8908-10459 (нумерацыя ідзе з 1-кі, інтэрвалы уключаюць левыя і правыя межы).
- Ланцуг геномнай паслядоўнасці, на якой ген знаходзіцца: plus (альбо minus).
- Радок таксаноміі, а менавіта назвы дамену (Bacteria), тыпу (Firmicutes), класу (Bacilli), парадку (Bacillales), сямейства (Bacillaceae), роду (Bacillus), а таксама відавы эпітэт (cereus).
Перад кожнай назвай пішацца прэфікс, які пазначае ранг: d__ для дамену, p__ для тыпу, c__ для класу, o__ для парадку, f__ для сямейства, g__ для роду і s__ для відавага эпітэту. У прэфіксах пасля літары пішуцца два знакі ніжняга падкрэслівання.
Таксанамічныя назвы адасобленыя і аточаныя кропкамі з коскай (;). - Катэгорыя геному, з якога паслядоўнасць гена паходзіць: (category:1).
Адбор паслядоўнасцяў
Адбіраць тыя ці іншыя паслядоўнасці з файлаў fasta можна з дапамогай праграмы Seqkit (ГітХаб-рэпазіторый, дакументацыя). Гэта бясплатная, кросплатформавая, шматфункцыянальная і даволі шустрая праграма, якая можа апрацоўваць як „гзіпʼнутыя“, так і простыя нясціснутыя файлы fasta. Для адбору паслядоўнасцяў зручна выкарыстоўваць падпраграмы seqkit grep і seqkit seq .
Адбор паслядоўнасцяў паводле загалоўкаў
Няхай мы робім выбарку з файла ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz. Карыснымі могуць быць наступныя прыклады каманд карыстання праграмай seqkit grep:
Прыклад 1. Выбраць адну паслядоўнасць паводле SeqID.
seqkit grep -p "GCF_000978375.1:NZ_CP009686.1:8908-10459:plus" ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Опцыя -p задае радок, які праграма будзе шукаць у fasta-загалоўках (на самой справе, толькі ў той частцы загалоўкаў, дзе запісаны SeqID: да першага прабела).
Прыклад 2. Выбраць усе паслядоўнасці генаў адной геномнай паслядоўнасці RefSeq паводле кода доступу NZ_CP009686.1.
seqkit grep -nrp ":NZ_CP009686.1:" ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Тут спатрэбяцца яшчэ дзве опцыі: -n і -r. Першая кажа праграме шукаць падрадкі́ у загалоўках цалкам, а не толькі ў ідэнтыфікатарах (SeqID). Другая опцыя кажа праграме, што ёй трэба шукаць не толькі тыя загалоўкі, якія цалкам супадаюць з шуканым радком, а таксама і тыя, якія змяшчаюць шуканы радок як сваю частку.
Каб забяспечыць спецыфічнасць пошуку, атачайце код доступу двукропʼямі (:).
Прыклад 3. Выбраць усе паслядоўнасці генаў аднаго геному (код доступу геномнай зборкі GCF_019357495.1).
seqkit grep -nrp "GCF_019357495.1:" ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Каб забяспечыць спецыфічнасць пошуку, пішыце двукропʼе (:) пасля коду доступу зборкі.
Прыклад 4. Выбраць усе паслядоўнасці актынабактэрый.
seqkit grep -nrp ";p__Actinobacteria;" ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Каб забяспечыць спецыфічнасць пошуку, атачайце таксаномію кропкамі з коскай (;).
Прыклад 5. Выбраць усе паслядоўнасці з геномаў катэгорыі 1.
seqkit grep -nrp "category:1" ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Прыклад 6. Выбраць усе паслядоўнасці апроч тых, якія належаць да тыпу Firmicutes.
seqkit grep -nvrp ";p__Firmicutes;" ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Звярніце ўвагу на опцыю -v у шэгару опцый -nvrp. Гэтая опцыя інвертуе паводзіны праграмы, і цяпер яна знойдзе ўсе паслядоўнасці, у загалоўках якіх няма радку «;p__Firmicutes;».
Адбор паслядоўнасцяў паводле даўжыні
Адбіраць паслядоўнасці паводле даўжыні можна з дапамогай праграмы seqkit seq.
Прыклад 1. Выбраць усе паслядоўнасці даўжэй за 1600 п.а.
seqkit seq -m 1601 ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Опцыя -m задае мінімальную даўжыню паслядоўнасцяў, якія праграма падасць на выхад.
Прыклад 2. Выбраць усе паслядоўнасці карацей за 1500 п.а.
seqkit seq -M 1499 ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Опцыя -M задае максімальную даўжыню паслядоўнасці, якія праграма падасць на выхад.
Прыклад 3. Выбраць усе паслядоўнасці, даўжыня якіх знаходзіцца ў прамежку [1500, 1600] п.а.
seqkit seq -m 1500 -M 1600 ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Адбор дадзеных загалоўкаў
Часам бывае карысна атрымаць толькі дадзеныя загалоўкаў з файла fasta. Гэта можна зрабіць з дапамогай праграмы seqkit seq.
Прыклад 1. Выбраць проста ўсе загалоўкі.
seqkit seq -n ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Опцыя -n кажа праграме, каб тая падавала на выхад толькі загалоўкі.
Прыклад 2. Выбраць усе ідэнтыфікатары паслядоўнасцяў (то бок часткі загалоўкаў да першага прабела).
seqkit seq -ni ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz
Опцыя -i кажа праграме, каб тая падавала на выхад толькі ідэнтыфікатары.
Прыклад 3. Выбраць усе коды доступу геномных паслядоўнасцяў з БД RefSeq.
seqkit seq -ni ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz | cut -f2 -d':' | sort | uniq
Такая команда спрацуе, толькі калі на кампʼютары ўсталяваныя ўтыліты cut, sort, і uniq (на Linux і Mac OS гэтыя праграмы звычайна ўсталяваныя разам з аперацыйная сістэмай).
Прыклад 4. Выбраць усе коды доступу геномных зборак.
seqkit seq -ni ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz | cut -f1 -d':' | sort | uniq
Такая команда спрацуе, толькі калі на кампʼютары ўсталяваныя ўтыліты cut, sort і uniq (на Linux і Mac OS гэтыя праграмы звычайна ўсталяваныя разам з аперацыйная сістэмай).
Прыклад 5. Выбраць усе назвы тыпаў арганізмаў.
seqkit seq -n ribogrove_24.230_sequences.fasta.gz | grep -Eo ';p__[^;]+' | sed -E 's/;|p__//g' | sort | uniq
Такая команда спрацуе, толькі калі на кампʼютары ўсталяваныя ўтыліты grep, sed, sort і uniq (на Linux і Mac OS гэтыя праграмы звычайна ўсталяваныя разам з аперацыйная сістэмай).
Кантакты
Калі вы маеце пытанне пра RiboGrove, калі ласка, звяртайцеся да Максіма Сікаленкі на эл. адрас sikolenko![[ at ]](img/pes2.gif)
mbio.bas-net.by або maximdeynonihgmail.com.
Цытаванне RiboGrove
Калі база дадзеных RiboGrove прыдалася вам у вашых даследаваннях, спасылайцеся, калі ласка, на наступную публікацыю:
Maxim A. Sikolenko, Leonid N. Valentovich. “RiboGrove: a database of full-length prokaryotic 16S rRNA genes derived from completely assembled genomes” // Research in Microbiology, Volume 173, Issue 4, May 2022, 103936.
(ЛІА: 10.1016/j.resmic.2022.103936).
Пытанні, якія ў людзей узнікаюць пра RiboGrove
1. Як зрабіць файл з таксаноміяй, з якім маглі бы працаваць праграмы з пакета QIIME2?
Для гэтага можаце скарыстацца скрыптом make_qiime_taxonomy_file.py: ён трансфармуе файл metadata/taxonomy.tsv у файл, з якім змогуць працаваць праграмы QIIME2. Даведку-кіраўніцтва для гэтага скрыпта можаце знайсці ў адпаведным файле README.
2. Як захаваць у файл дадзеныя, адабраныя з дапамогай Seqkit?
У адпаведнай дыскусіі на форуме ўжо далі некалькі карысных адказаў і парад: https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/20915/how-do-i-save-selected-sequences-in-seqkit-to-a-file.
3. Як знайсці патрэбныя запісы у fasta-файле паводле паслядоўнасці з дапамогай Seqkit?
У адпаведнай дыскусіі на форуме ўжо далі некалькі карысных адказаў і парад: https://www.biostars.org/p/9561418.
RiboGrove, 2025-05-08